Τα όργανα διοίκησης της υπηρεσίας είναι ο Προϊστάμενος και η ολομέλεια του προσωπικού ως συλλογικό όργανο διοίκησης. Κατά τις συνεδριάσεις του προσωπικού ως συλλογικό διοικητικό όργανο, όπου προεδρεύει ο Προϊστάμενος, λαμβάνονται συλλογικά αποφάσεις, στρατηγικού και λειτουργικού χαρακτήρα για μείζονος σημασίας ζητήματα με τον συμμετοχικό – δημοκρατικό τρόπο.
Η θεματολογία μπορεί να είναι: έλλειψη προσωπικού, μετακινήσεις προσωπικού, συνεργασίες, σχέσεις, συμπεριφορά, διαδικασίες, λεπτομέρειες λειτουργίας, καθορισμός επιτροπών αξιολόγησης περιστατικών, ιεράρχηση αναγκών, θέματα προτεραιότητας περιστατικών, στρατηγικές αντιμετώπισης παιδαγωγικών προβλημάτων, προβλήματα και ανάγκες που ανακύπτουν, αρμοδιότητες και καθήκοντα του προσωπικού, διοικητικές λειτουργίες της υπηρεσίας (προγραμματισμός, οργάνωση, διεύθυνση, έλεγχος) διαδικασίες έκδοσης γνωμάτευσης, περιεχόμενο γνωμάτευσης, κ.λπ.
Ο προϊστάμενος του ΚΕ.Δ.Α.Σ.Υ. είναι διοικητικός, επιστημονικός και παιδαγωγικός υπεύθυνος της υπηρεσίας. Εκδίδει όλες τις διοικητικές πράξεις του προσωπικού και φροντίζει για την εκτέλεση των λειτουργιών του οργανισμού.
Οι ποικίλες ειδικότητες στην υπηρεσία, συνιστούν διαφορετικές επιστημονικές θεωρητικές γνώσεις για τον καθένα. Ο καθένας εξετάζει και αξιολογεί το μαθητή από τη δική του επιστημονική πλευρά. Τοιουτοτρόπως, για την επίτευξη της αποστολής του ΚΕ.Δ.Α.Σ.Υ. δημιουργείται η ανάγκη της στενής και ειλικρινούς συνεργασίας και της περισσής κατανόησης όλων των μελών της διεπιστημονικής ομάδας που αναλαμβάνει την αξιολόγηση του μαθητή. Επίσης ιδιαιτερότητα αποτελεί το γεγονός ότι το προσωπικό της υπηρεσίας πρέπει να επιμορφώνεται συνεχώς σε θέματα ειδικής αγωγής καθώς και σε άλλα θέματα που προκύπτουν μετά από διερεύνηση επιμορφωτικών αναγκών του προσωπικού.
Το θεσμικό πλαίσιο που διέπει τη λειτουργία των ΚΕ.Δ.Α.Σ.Υ. περιγράφεται στο ν. 4823/2021 άρθρο 11